דר' יהודה שלם, סגן יו"ר חוּג הַפְּרוֹפֶסוֹרִים לְחֹסֶן לְאוּמִּי, בראיון עם ערוץ 7: בן גוריון הורה להטביע את האלטלנה גם משיקולים פוליטיים יש קשר בין הפרשה לבין אירועים מאוחרים יותר במחנה השמאל: "הפגיעה והחתרנות מגיעות שוב ושוב מאותו כיוון". שלם, החוקר את השפעות השמאל על החברה הישראלית, מציג פרשנות שלפיה שיקולים פוליטיים עמדו מאחורי החלטתו של דוד בן גוריון בפרשה. לטענתו של ד"ר שלם, המניע שהוביל את בן גוריון להטבעתה של האוניה לא היה החשש מצבא בתוך צבא ולא הרצון לייצר אחידות נשק המתבקשת ממדינה...

אנו החתומים מטה מביעים בזאת את מחאתנו על מסע ההתנכלויות המתמשך של מערכת הביטחון כנגד המתנחלים. מסע זה הוא ביטוי לשיבוש המוסרי שבו שרויה...